中国农业科学院北京畜牧兽医研究所

中心实验室第一届生物信息学培训班通知

（第一轮）

近年来，随着基因组学在各个领域的渗入和现代分子技术的逐渐成熟，宏基因组学（Metagenomics）应运而生，开启了环境微生物研究的新方向。宏基因组（Metagenone）的概念，即“特定生态环中所有生物遗传物质的总和”。宏基因组学的产生使人们摆脱了物种界限，克服了传统微生物培养方式的缺陷，扩大了微生物资源的利用，掀开了环境微生物研究的新篇章。第二代测序技术的出现和大规模DNA 测序平台的广泛使用大大缩减了DNA的测序成本，极大地促进宏基因组学的发展，基于二代测序的16S rDNA检测大大加速了人们对各类微生物群落的研究。

为促进科研人员对宏基因组测序技术的了解和学习，推动宏基因组学在各学科领域应用及发展，北京畜牧兽医研究所中心实验室拟于2018 年 4 月23 日-4月 27 日召开第一届生物信息学培训班。本次培训班由牧医所基因组学平台与美国俄亥俄州立大学食品、农业和环境科学学院联合举办，特邀请北京畜牧兽医研究所特聘研究员于忠堂教授和王玲玲助理研究员(简历见附件1)专程授课，对学员进行理论、操作、数据分析等培训。

培训目的：

本培训班向参会学员介绍基本概念、实际操作、数据分析等内容。采取专家授课，理论课与实践课相结合，讲师与学员研讨的方式进行，提供充足的实际操作机会，让每个参加研讨会人员学有所成。

培训对象：

从事生命科学、农学等领域的科研工作者、高校教师及研究生；从事宏基因组学分析的技术人员。

培训内容：

Day 1上：基本概念

A. 微生物组学和微生物生态学的一些基本概念；B. 细菌和古生菌的分类学；

C. 瘤胃和动物肠道内常见的微生物菌群；D. 胃肠道微生物研究中经常遇到的问题；

E. 微生物分析试验设计涉及的相关重要事项；

Day 1下：Linux系统概论-实验室讲座和实操

A. 虚拟机安装到Windows；B. 安装Linux；C. 安装QIIME；

Day 2上：宏基因组1 -系统宏基因组-讲座

A. 用于肠道微生物标记基因宏基因组分析；B. 样本收集和保存；

C. 宏基因组DNA提取；D. 扩增子库的制备；

Day 2下: DNA提取和文库扩增—实验室实操

A. 从选择的样本中提取DNA (2人/组)；B. 扩增子库的制备；

Day 3上：宏基因组1 –系统宏基因组-讲座

A. MiSeq测序数据的生物信息学分析流程(QIIME)；B. 预处理和质量控制；

C. 操作分类单位选择和代表序列的选择；D. 代表性OTU序列分类；

Day3下: 扩增文库的质量检查和建立一个MiSeq运行-实验室实操

A. 扩增文库的质量检查

B. 演示MiSeq操作(由Illunima专家演示)仅一个运行。

Day 4上：宏基因组1 -系统宏基因组-讲座

A. α多样性；B. β多样性和测量；C. 在线NGS分析服务器介绍；D. 多元统计分析

Day 4下：QIIME -实验室实操

A. QIIME分析流程介绍；B. QIIME分析流程解释与示范；C. 微生物组数据的多变量分析

Day 5上：宏基因组2 -功能宏基因组-讲座

A. 系统宏基因组vs. 功能宏基因组；B. 依据菌群16S数据进行代谢功能预测-PICRUSt；

C. 宏基因组鸟枪测序, 短序列组装, 基因预测, 基因注释；D. 染色体组重建；

E. 代谢网络重构

Day 5下：宏基因组2 -功能宏基因组-PICRUSt示范

培训特色： 

特色一：整体引进美国俄亥俄州立大学最前沿技术作为培训教程；

特色二：理论和实践相结合，保证学员有充足实操实践；

特色三：授课内容丰富，涵盖了宏基因组学分析的各个步骤和环节。

培训费：

每人4000 元，学生3500 元（包含培训资料费、培训期间的午、晚餐费用）。住宿及来往车票自理。

培训费交付方式：

请参会人员提前培训班联系人，本所与会人员可以支票、现金或现场刷卡的形式提交，非我所与会人员可提前汇款或准备现金现场提交。

报名方式：

请将报名回执（附件2）发送到mys_lab@163.com 邮箱，本次培训班学员人数限制在30 位，根据报名先后顺序确定学员。

优惠项目：

本次参加培训班的学员，今后在中心实验室进行基因组学相关分析，数据分析费按照6折给予优惠；学员还可以在培训期间携带样品和试剂免费进行数据采集和分析！

培训时间：2018 年4 月 23 日-4 月27 日

培训地点：中国农业科学院北京畜牧兽医研究所牧医1 号楼中心实验室

友情提示：

本次培训包含微生物宏基因组测序原理、操作及后续数据分析，请学员自带笔记本电脑。

联系 人：李明  卢凌  饶正华

联系电话：010-62816076、15801609856、18515281695

电子邮件：mys_lab@163.com

附件1 专家简历

附件2 报名回执表

北京畜牧兽医研究所

中心实验室

附件1 专家简介

于忠堂，在美国新墨西哥州立大学获博士学位，世界著名公立研究型大学加拿大的英属哥伦比亚大学博士后。现在是美国俄亥俄州立大学食品、农业和环境科学学院教授，主要从事胃肠道微生物生态及微生物发酵的评价和研究。主要研究领域包括如下：1. 肠道微生物及其与宿主利用营养物质及宿主健康的关系；2. 通过调控肠道微生物以提高营养物质的利用率，减少氮、硫化氢及甲烷等废物的排放；3. 厌氧消化对动物粪便的处理；4. 由畜牧生产导致的抗生素耐药性及如何缓解和控制抗生素耐药性对环境和人畜的不良影响的方法。其在Journal of Experimental Medicine、Biotechnology advances和Environmental Microbiology等刊物发表文章140余篇，所发文章被引用超过5600次。于2015年获得Gamma Sigma Delta Research Award of Merit 奖，是美国微生物学会、国际微生物生态学学会、美国动物科学学会、美国奶业科学学会会员。多次应邀参加国际学术会议，并担任《Microbiology Research》、《Metagenomics》和《Frontiers in Microbiology》等杂志的副主编。

王玲玲，在中国疾病预防控制中心获博士学位，美国俄亥俄州立大学动物科学学院博士后。现在是美国俄亥俄州立大学动物科学学院助理研究员，主要研究领域包括如下：1. 肠道微生物与人类健康的关系；2. 家畜肠道微生物的生理和组成；3. 现代畜牧业生产中粪便废弃物中抗生素耐药性的迁移。其在Journal of Dairy Science、Journal of Experimental Medicine、Frontiers in Microbiology、Letters in Applied Microbiology、Journal of Applied Microbiology和Microbial Ecology等刊物发表文章9篇，编写《Use of Bacterial Artificial Chromosomes in Metagenomics Studies, Overview》著作中的《Encyclopedia of Metagenomics, Genes, Genomes and Metagenomes: Basics, Methods, Databases and Tools》章节和《Antibiotic Resistant Bacteria - A Continuous Challenge in the New Millennium》著作中的《Antimicrobial Resistance Arising from Food-Animal Productions and Its Mitigation》章节，在各重大国际会议中发表论文14篇。在微生物宏基因组测序的原理和操作方面具有深厚的基础。